Per la loro caratteristica la diagnosi di queste malattie può essere tutt'altro che rapida specie nella malattia di Crohn dato che i sintomi dei pazienti sono spesso aspecifici e talora di entità anche lieve.
La presentazione clinica delle malattie croniche intestinali è infatti molto variabile, anche a seconda del grado di attività di malattia (lieve, moderata, severa). La caratteristica principale di queste malattie è l'infiammazione della parete intestinale per cui la sintomatologia è prevalentemente rappresentata dalla diarrea cronica, associata a dolori addominali a varia localizzazione (nella malattia di Crohn è più frequentemente sito sui quadranti inferiori a destra, nella colite ulcerosa può trovarsi maggiormente sui quadranti inferiori di sinistra). Può essere presente il sanguinamento rettale (soprattutto nella colite ulcerosa) con anemia, dimagrimento e stanchezza; talvolta si ha anche febbre. Si tratta comunque di sintomi pressocché aspecifici.
Nelle forme più severe, la malattia può esordire direttamente con le sue complicanze (soprattutto nella malattia di Crohn): stenosi intestinali (restringimenti del lume che possono causare sintomi da occlusione intestinale, come dolore addominale severo, stipsi, nausea e vomito), fistole (tramiti di collegamento di nuova formazione tra diverse anse intestinali; tra un'ansa intestinale e organi vicini, come la vescica, la vagina; tra un'ansa intestinale e la cute, anche a livello perianale) e ascessi (raccolte di pus generalmente collegate a fistole, che si formano per sovrainfezione di masse infiammatorie dovute al passaggio del contenuto intestinale nei tessuti limitrofi).
Nel caso della colite ulcerosa, una possibile complicanza è il megacolon tossico, caratterizzato da un'abnorme dilatazione del colon, così come si può avere lo sviluppo di tumori.
Nelle malattie croniche intestinali inoltre si possono avere manifestazioni "extraintestinali" della malattia, ossia riferibili ad altri organi, principalmente rappresentate dallo sviluppo di patologie reumatologiche correlate (artropatie enteropatiche che si manifestano con dolori articolari diffusi e migranti), patologie dermatologiche (più frequentemente l'eritema nodoso, caratterizzato da arrossamento e nodularità della cute, dolenti) e patologie oculari (per esempio l'uveite con arrossamento oculare, sensazione di corpo estraneo, ecc.). Altre possibili manifestazione extraintestinali si hanno a livello dell'apparato epatobiliare, prima fra tutte la colangite sclerosante primitiva che può associarsi alla colite ulcerosa e che è un'infiammazione dei dotti biliari del fegato, con ostacolo al deflusso della bile.
Non esiste un singolo esame che permetta di arrivare con sicurezza alla diagnosi di malattie croniche intestinali pertanto si ricorre all'integrazione di varie indagini cliniche, di laboratorio e strumentali (endoscopia, ecografia, radiologia).
Data la loro cronicità, la ripetizione di tali accertamenti è spesso richiesta più volte nel corso della storia clinica di ciascun paziente, al fine di monitorare le fasi di attività di malattia, valutare la risposta alle terapie praticate e modulare, se possibile, lo sviluppo di complicanze.
Un'ulteriore applicazione riguardante soprattutto l'endoscopia è rappresentata inoltre dalla prevenzione dei tumori del colon, il cui rischio sembra aumentato nella rettocolite ulcerosa e nella malattia di Crohn a localizzazione colica di lunga data. E' quindi indicato fare una colonscopia periodica (da 1a 5 anni a seconda dell'estensione di malattia) con biopsie numerose ed eseguite in sedi casuali per evidenziare precocemente lesioni precancerose.
In considerazione delle possibili manifestazioni extraintestinali suddescritte inoltre, è verosimile che, alla comparsa di sintomi o segni riconducibili ad una delle possibili patologie di malattie intestinali croniche siano richiesti approfondimenti diagnostici aggiuntivi di laboratorio e/o strumentali finalizzati ad individuare tali complicanze.